Due anni dopo la distruzione della TriTower, quartier generale e simbolo della DOATEC...
Helena Douglas ha iniziato la ricostruzione di DOATEC. Determinata a sviluppare tecnologie esclusivamente pacifiche, è intervenuta con decisione, ordinando lo scioglimento della divisione biotecnologica, la sospensione dei progetti militari Alpha, Epsilon e Omega, e l'espulsione del personale legato a Donovan da tutte le filiali DOATEC nel mondo.
Ormai saldamente al timone dell'azienda fondata dal padre Fame Douglas, Helena ha annunciato l'intenzione di organizzare il quinto torneo di Dead or Alive, in modo da mostrare al mondo i principi e la filosofia della nuova DOATEC.
Kasumi era il diciottesimo capo del clan Mugen Tenshin, ma in cuor suo desiderava soltanto punire Raidou, lo spietato ninja rinnegato che aveva aggredito Hayate, il suo amato fratello, riducendolo in fin di vita e rubando il tesoro più prezioso del villaggio.
Pur sapendo che abbandonare il villaggio l'avrebbe resa una kunoichi rinnegata, condannata a morte, Kasumi decide di fuggire alla ricerca del suo avversario e infine giunge nel torneo di combattimento di Dead or Alive.
Sotto lo sguardo attento della sorellastra Ayane, inviata segretamente per ucciderla, Kasumi infine sconfigge Raidou. Ma una potente esplosione fa immediatamente a pezzi il corpo dell'odiato nemico e Kasumi stessa scompare senza lasciar traccia...
Viene annunciato che Fame Douglas, principale sponsor della manifestazione, è stato assassinato e il torneo si chiude in un'atmosfera di incertezza e di mistero, mentre ciascun partecipante va per la sua strada.
La misteriosa scomparsa di Kasumi nel primo torneo Dead or Alive era in realtà opera della DOATEC stessa, che l'aveva rapita per usarla come soggetto di studio nel cosiddetto Progetto Alpha. Kasumi riesce a fuggire dal laboratorio ma, durante la fuga, incrocia la sua clone. Sorridendo crudele, Alpha le annuncia: "Hayate è mio".
Nello stesso momento, il secondo torneo Dead or Alive viene annunciato.
Ryu Hayabusa, amico di Hayate e Drago Ninja, avverte la presenza di un male che va al di là dell'umana comprensione. "Questo non è un torneo qualunque", commenta, e si mette in viaggio per salvare il mondo dalla distruzione.
Nel frattempo, DOATEC aveva rapito Hayate dal suo letto di agonia per usarlo come soggetto di studio nel Progetto Epsilon, erede del Progetto Alpha. Fortunatamente, riesce a fuggire grazie a un incidente durante un trasferimento.
Affetto da amnesia, Hayate viene accolto da Hitomi, un'esperta di karate che si allenava nelle vicinanze. Una volta ripresosi dalle ferite, finisce inesorabilmente nel torneo di Dead or Alive, partecipando sotto il nome di Ein...
Recuperata la memoria, Hayate assume il suo ruolo designato come diciottesimo capo del clan Mugen Tenshin. Ma la setta Hajin Mon del clan viene scossa da un annuncio terribile: il suo capo Genra è stato trasformato in un mostro inumano nel corso dell'ultimo piano di DOATEC: il progetto Omega.
Viene annunciato il terzo torneo mondiale Dead or Alive e, dietro le quinte, il vero dominatore di DOATEC Victor Donovan intende sfruttarlo proprio per testare la sua nuova creazione.
Ayane era stata figlia adottiva e allieva del vecchio Genra e, ora che era stato trasformato in una macchina da guerra inumana, sentiva come proprio dovere di rimediare ai suoi errori, dandogli finalmente la pace.
L'ira dei ninja è sul punto di esplodere, perché DOATEC prosegue i suoi esperimenti sull'uomo, causando una tragedia dopo l'altra.
La dirigente della multinazionale, Helena Douglas, è all'oscuro di tutto e, anzi, proprio riallacciandosi ai principi e ideali di suo padre, decide di organizzare il quarto torneo di Dead or Alive.
Avrà un brusco risveglio quando Hayate, capo del clan ninja Mugen Tenshin darà alle fiamme la TriTower della DOATEC, simbolo del potere e dell'avidità della multinazionale.
Proprio mentre le fiamme lambiscono la base delle torri, prende vita l'ultima creazione dei mostruosi esperimenti di DOATEC: Alpha-152, la combattente definitiva.
In un istante, Fame Douglas scopre come Donovan abbia tradito i suoi principi e tutto l'odio e il dolore che questo ha creato.
La terribile Alpha-152 era nata per colpa della sua ingenuità e del suo idealismo e, in cuor suo, Helena conosceva un solo modo per rimediare. Restare nelle torri e distruggerle dall'interno.
"Addio".
Circondata dalle fiamme e con le torri prossime al collasso, Helena viene inaspettatamente salvata da Zack, che la raccoglie con l'elicottero. Stordita, si guarda alle spalle mentre il simbolo per eccellenza della DOATEC sprofonda nella polvere.
