Deux ans après la destruction de la Tri-Tower, le siège social et symbole de DOATEC...
Helena Douglas s'attèle à la reconstruction de DOATEC, en prévoyant cette fois d'utiliser ses technologies dans un but pacifique. Elle a ordonné la dissolution de la Division Biotechnologie, la suspension pour une durée indéterminée des Projets Alpha, Epsilon et Oméga de la Division Militaire, ainsi que l'expulsion de tous les membres de la faction de Donovan des locaux de DOATEC du monde entier.
Maintenant qu'elle se trouve au même poste qu'occupait autrefois Fame Douglas, son père et fondateur de DOATEC, Helena a annoncé vouloir organiser le cinquième tournoi Dead or Alive, pour présenter au monde entier les idéaux et la philosophie qui animent à nouveau DOATEC.
Son frère Hayate ayant frôlé la mort aux mains de Raidou, un ninja complètement dément qu'on avait chassé du village, Kasumi était devenue le dix-huitième chef du clan Mugen-Tenshin. Cependant, les flammes de la vengeance continuaient de brûler en son sein. Elle désespérait de prendre sa revanche sur l'homme qui lui avait enlevé son frère aimant et fort, tout en dérobant le plus grand trésor du village.
Sachant pertinemment qu'un ninja quittant le village serait considéré comme traître et puni de mort, Kasumi se lança tout de même à la poursuite de son adversaire, pour se retrouver finalement au tournoi Dead or Alive.
Sous la surveillance attentive de sa demi-sœur Ayane, chargée de la suivre en secret, Kasumi battit Raidou. Mais à peine avait-elle crié victoire qu'une énorme explosion réduisit en pièces le corps de Raidou. Quant à Kasumi, elle avait disparu...
Une fois le tournoi terminé, on découvrit que son sponsor Fame Douglas avait été assassiné. Les différents participants s'en allèrent chacun de leur côté, laissant cette compétition sombrer dans le mystère et les doutes.
Portée disparue à la fin du premier tournoi Dead or Alive, Kasumi avait en fait été kidnappée par DOATEC afin de servir de cobaye pour un mystérieux Projet Alpha. Elle réussit à s'échapper mais, lors de sa fuite, elle tomba sur son clone, Alpha. En lui adressant un sourire cruel, Alpha lui annonça : "Hayate est à moi."
Entretemps, on annonça que le second tournoi Dead or Alive allait avoir lieu.
Le Ninja Dragon Ryu Hayabusa, un ami d'Hayate, sentit immédiatement qu'un maléfice puissant et bien au-delà de la compréhension humaine était à l'œuvre. "Ce n'est pas un tournoi ordinaire," déclara-t-il avant de partir tenter de sauver le monde de la destruction.
Au même moment, Hayate fut kidnappé sur son lit de mort par les agents du DOATEC afin d'en faire un cobaye pour le successeur du Projet Alpha, le Projet Epsilon. Heureusement, un accident lors de son transport permit à Hayate d'échapper aux griffes de DOATEC.
Souffrant d'amnésie, Hayate fut recueilli par Hitomi, un expert en karaté qui donnait des cours pas loin de là. Une fois remis de ses blessures, il se sentit inexorablement attiré par le tournoi Dead or Alive, auquel il participa sous le nom d'Ein...
Ayant recouvré la mémoire, Hayate reprit sa place légitime de 18e chef du Clan Mugen-Tenshin. Mais, dans le même temps, la secte Hajin Mon du clan se retrouva plongée dans le chaos. Le chef de la secte, Genra, avait été enlevé par DOATEC et transformé en monstre inhumain par leur dernière machination, le Projet Oméga.
Le troisième tournoi mondial Dead or Alive fut finalement annoncé. Cependant, le véritable but de ce tournoi était de permettre à Victor Donovan, l'âme damnée de DOATEC, de mettre à l'épreuve le monstre qu'il avait créé lors du Projet Oméga.
Aux yeux d'Ayane, Genra était à la fois son père adoptif et son maître, mais il avait été transformé en machine à tuer inhumaine. Son devoir filial la poussait à redresser les torts de son père et à lui accorder le repos.
Les expériences répétées de DOATEC sur des cobayes humains n'avaient fait qu'enchaîner les tragédies. La colère des ninjas envers cette corporation sans âme était sur le point de déborder.
En reprenant le poste de son père à la tête de DOATEC, et afin de faire revivre les principes et les idéaux qu'il chérissait, Helena Douglas annonça qu'elle organisait le quatrième tournoi Dead or Alive.
Cependant, la colère d'Hayate, le chef du Clan Mugen-Tenshin des ninjas, finit par s'embraser et consumer la tour Tri-Tower de 999 mètres de haut de DOATEC, symbole du pouvoir et de l'avidité de cette corporation toute puissante.
Mais alors que les flammes commençaient à lécher la base de la tour, la dernière expérience impie de DOATEC donna naissance à la machine de combat ultime, Alpha-152.
Les idéaux et principes de Fame Douglas, le père d'Helena, venaient d'être définitivement foulés aux pieds par la traîtrise de Donovan et la vilénie de ses actes.
Helena se rendit compte que son idéalisme et sa naïveté avait donné naissance au terrible Alpha-152, et elle décida de prendre la seule décision qui en valait la peine. Elle allait rester dans les tours et les détruire de l'intérieur.
"Adieu."
Entourée par les flammes, les tours sur le point de s'écrouler, Helena fut soudainement sauvée par Zack, plongeant à la rescousse avec son hélicoptère. Abasourdie, elle se retourna juste à temps pour voir le dernier symbole de DOATEC s'écrouler en poussière.
