Han pasado dos años tras de la destrucción de la Tri-Tower, el cuartel general y máximo exponente de DOATEC...
Helena Douglas ha empezado a reconstruir DOATEC, esta vez con el objetivo de usar su tecnología con fines pacíficos. Ha ordenado la disolución de la División de Biotecnología, la suspensión indefinida de los proyectos Alpha, Epsilon y Omega de la División Militar, y la expulsión de todos los miembros de la facción de Donovan de todas las oficinas de DOATEC del mundo.
Ahora que ocupa el mismo cargo que una vez ejerció su padre, el fundador de DOATEC Fame Douglas, Helena ha anunciado que tiene la intención de celebrar el quinto torneo Dead or Alive para mostrar al mundo entero los principios y las filosofías de la nueva DOATEC.
Después de que su hermano Hayate resultara casi muerto a manos de Raidou, un ninja enloquecido que había sido desterrado de la aldea, Kasumi pasó a ser la decimoctava líder del clan Mugen Tenshin. Pero su corazón ardía en llamas de venganza: ansiaba vengarse del hombre que le había arrebatado a su afable y fuerte hermano y que había robado el tesoro más preciado de la aldea.
Aun sabiendo que cualquier ninja que abandonara la aldea sería considerado un traidor y encontraría la muerte como castigo, Kasumi emprendió un viaje para perseguir a su adversario, lo que la llevó a participar en el torneo de lucha Dead or Alive.
Bajo la atenta mirada de su hermanastra Ayane, quien fue enviada para seguirla en secreto, Kasumi derrotó a Raidou. Sin embargo, tan pronto como celebró su victoria, una fuerte explosión destrozó el cuerpo de Raidou y Kasumi desapareció repentinamente sin dejar rastro alguno...
Al final del torneo, se descubrió que su principal patrocinador, Fame Douglas, había sido asesinado. Los diferentes participantes siguieron su propio rumbo, y tal acontecimiento quedó envuelto en un velo de misterio e incertidumbre.
Finalmente, se descubrió que la desaparición de Kasumi al final del primer torneo Dead or Alive se debió a que fue secuestrada por DOATEC como sujeto de prueba para algo conocido como Proyecto Alpha. Kasumi logró escapar, pero en su huida se encontró con su clon, Alpha. Con una cruel risa, Alpha le dijo: "Hayate es mío".
Mientras ocurría todo esto, se anunció el segundo torneo Dead or Alive.
El ninja dragón Ryu Hayabusa, un amigo de Hayate, sintió inmediatamente que aquel torneo estaba marcado por la presencia de un gran mal que ni el ser humano podía comprender. "Este no es un torneo de lucha normal" fueron sus palabras. Así pues, emprendió un viaje para salvar al mundo de la destrucción.
Al mismo tiempo, Hayate desapareció de su lecho de muerte tras ser raptado por agentes de DOATEC como sujeto de prueba del sucesor del Proyecto Alpha, el Proyecto Epsilon. Afortunadamente, un accidente durante el transporte liberó a Hayate de las garras de DOATEC.
Padeciendo amnesia, Hayate fue cuidado por Hitomi, una experta karateka que casualmente entrenaba cerca de allí. Una vez que sanaron sus heridas, Hayate se vio atraído inexorablemente por el torneo Dead or Alive, en el cual participó con el nombre de Ein...
Tras haber recuperado la memoria, Hayate regresó a su legítimo puesto como 18.º líder del clan Mugen Tenshin. Al mismo tiempo, por desgracia, la secta Hajin Mon del clan se vio sumida en el caos. El líder de la secta, Genra, había sido secuestrado por DOATEC y lo habían convertido en un monstruo inhumano como parte de su último plan, el Proyecto Omega.
Finalmente, se anunció la celebración del tercer torneo mundial Dead or Alive. Sin embargo, el verdadero fin del torneo era darle una oportunidad a Victor Donovan, la verdadera cabeza pensante de DOATEC, de probar al monstruo que había creado como parte del Proyecto Omega.
Para Ayane, Genra era tanto su padre adoptado como su maestro, y ahora se había transformado en una máquina de matar inhumana. Era por tanto su deber como hija acabar con los actos violentos de su padre y de concederle la paz.
Los reiterados experimentos de DOATEC que usaban cuerpos humanos no dejaban de provocar una tragedia tras otra. La cólera que sentían los ninjas hacia esta desalmada corporación había llegado a su punto de inflexión.
Tomando el mando de su padre como directora de DOATEC, y con el ferviente deseo de seguir los principios e ideales que él tanto promulgaba, Helena Douglas anunció que celebraría el cuarto torneo Dead or Alive.
Sin embargo, la furia de Hayate, el líder del clan ninja Mugen Tenshin, pronto se transformó en las llamas que consumirían la Tri-Tower de DOATEC de 999 metros de altura, un símbolo del poder y la codicia de la poderosa corporación.
Pero justo cuando todo empezó a arder en llamas, el resultado final de los experimentos impíos de DOATEC fue engendrado: se trataba del arma de combate definitiva, Alpha-152.
Los ideales y principios del padre de Helena, Fame Douglas, habían sido vilmente erradicados con la traición de Donovan y la animadversión que habían provocado sus actos.
Reconociendo que su propio idealismo e ingenuidad habían sido fruto del nacimiento de la terrible Alpha-152, Helena hizo lo único que sabía que era lo correcto: permanecer en las torres y destruirlas desde dentro.
"Hasta nunca."
Envuelta por las llamas y con las torres al borde del derrumbe, Helena fue rescatada repentina e inesperadamente por Zack, quien descendió en picado con su helicóptero hacia ella. Perpleja, Helena miró atrás justo a tiempo para ver cómo el símbolo más importante de DOATEC acababa reducido a polvo y cenizas.
