時值幕末——黑洲藩，山間的村莊。
藩內密謀對幕府的叛亂，但命運在某個夜晚在村莊製造武器時失控。
村莊因幕府隱密的突襲而被火焰吞噬，村民們遭到殺害。
主角在一位研師老婦的幫助下，與夥伴一起躲入不為人知的隱藏村落。
在那裡，他們被培養成一對一組的「隱刀」。

時光流逝，1853年。
突如來航的美國黑船迫使日本開國，全國轟動。
黑洲藩主為了獲得倒幕的大義，命令隱刀掌握幕府與美國之間密約的證據。
然而，行動失敗。
為了讓主角逃脫，留在黑船上的搭檔下落不明。

回到村莊的主角感覺到搭檔仍然活著。
在幕府隱密的襲擊中，主角決心脫藩尋找搭檔。
成為浪人，踏上新的旅程。
舞台從橫濱、江戶經過，最終抵達陰謀纏繞的京都──。

在尋找搭檔的過程中，主角被捲入了各種相遇與因緣，
共同創造即將迎來黎明的日本歷史。