时值幕末——黑洲藩，山间的村庄。
藩内密谋对幕府的叛乱，但命运在某个夜晚在村庄制造武器时失控。
村庄因幕府隐密的突袭而被火焰吞噬，村民们遭到杀害。
主角在一位研师老妪的帮助下，与伙伴一起躲入不为人知的隐藏村落。
在那里，他们被培养成一对一组的“隐刀”。

时光流逝，1853年。
突如来航的美国黑船迫使日本开国，全国轰动。
黑洲藩主为了获得倒幕的大义，命令隐刀掌握幕府与美国之间密约的证据。
然而，行动失败。
为了让主角逃脱，留在黑船上的搭档下落不明。

回到村庄的主角感觉到搭档仍然活着。
在幕府隐密的袭击中，主角决心脱藩寻找搭档。
成为浪人，踏上新的旅程。
舞台从横滨、江户经过，最终抵达阴谋缠绕的京都──。

在寻找搭档的过程中，主角被卷入了各种相遇与因缘，
共同创造即将迎来黎明的日本历史。