時は幕末――黒洲藩、山間の村。
藩が密かに幕府への反乱を目論み、
村で武器を製造していたある夜、運命が狂う。
幕府隠密の急襲により村は炎に包まれ、
村人たちは惨殺された。
主人公は片割れとともに研師である老女に助けられ、
人知れぬ隠れ里へと身を寄せることになる。
そこで彼らは、二人一組の“隠し刀”として育てられていく。

時は経ち、1853年。
突如来航した米国の黒船が開国を迫り、日本中が鳴動する。
黒洲藩主は倒幕の大義を得るべく、
幕府と米国が交わした密約の証拠を掴むよう、隠し刀に命じた。
しかし作戦は失敗。
主人公を逃すため黒船に留まった片割れは行方知れずとなる。

里に生還した主人公は、片割れがまだ生きていると感じていた。
黒船の件で里を嗅ぎつけた幕府隠密に襲われるなか、
主人公は片割れを探すために脱藩を決意。
浪人となり、新たな旅路へと踏み出す。
その舞台は横浜、江戸を経て、陰謀渦巻く京都へと──。

片割れを探し求めるなか、
主人公はさまざまな出会いと因縁に巻き込まれながら、
夜明けを迎える日本の歴史を創っていく。