Zwei Jahre nach der Zerstörung des Tri-Towers, der Zentrale und dem Wahrzeichen von DOATEC …
Helena Douglas begann mit dem Wiederaufbau von DOATEC, dieses Mal jedoch um seine Technologien zu friedlichen Zwecken einzusetzen. Sie befahl die Auflösung der Biotechnologieabteilung, die sofortige Aussetzung der Militärprojekte Alpha, Epsilon und Omega, sowie die Entlassung aller Anhänger Donovans aus DOATEC-Standorten auf der ganzen Welt.
Helena hat nun dieselbe Position wie einst ihr Vater, DOATEC-Gründer Fame Douglas, inne und kündigt die Ausrichtung des fünften Dead-or-Alive-Turniers an, um der Welt zu zeigen, für welche Prinzipien und Tugenden das neue DOATEC steht.
Nachdem ihr Bruder Hayate fast von Raidou, einem verrückten, aus dem Dorf verbannten Ninja, getötet worden war, wurde Kasumi die achtzehnte Anführerin des Mugen-Tenshin-Klans. Doch tief in ihr brannte das Feuer der Rache - sie wollte Rache üben an dem Mann, der ihr ihren geliebten, starken Bruder raubte und den größten Schatz des Dorfes stahl.
Obwohl Kasumi wusste, dass jeder Ninja, der das Dorf verlässt, als Verräter gilt und mit dem Tode bestraft wird, stahl sie sich davon und verfolgte ihren Gegner, bis sie schließlich im Dead-or-Alive-Turnier auf ihn traf.
Unter dem wachsamen Blick ihrer Halbschwester Ayane, die geschickt wurde, um ihr zu folgen, besiegte Kasumi Raidou. Doch kurz nach ihrem Sieg wurde Raidous Körper von einer gewaltigen Explosion zerrissen und Kasumi war nirgends aufzufinden ...
Nach dem Ende des Turniers wurde bekannt, dass der Hauptsponsor Fame Douglas ermordet wurde. Das Turnier war umgeben von einem Schleier aus Geheimnissen und Ungewissheit und die Wege der Teilnehmer trennten sich.
Es wurde bekannt, dass Kasumi nach dem ersten Dead-or-Alive-Turnier verschwand, weil sie von DOATEC entführt wurde und als Testperson im so genannten Projekt Alpha dienen sollte. Ihr gelang die Flucht, aber bei ihrem Ausbruch begegnete sie ihrem Klon, Alpha. Alpha lächelte kalt und sagte: "Hayate gehört mir."
Währenddessen wurde das zweite Dead-or-Alive-Turnier angekündigt.
Der Drachen-Ninja Ryu Hayabusa, der ein Freund von Hayate ist, spürte sofort, dass etwas unfassbar Böses dahinter steckte. "Das ist kein gewöhnlicher Wettkampf" sagte er und zog los, um die Welt vor der Zerstörung zu retten.
Zur gleichen Zeit wurde der im Sterben liegende Hayate von DOATEC-Agenten entführt, um als Versuchsperson für den Nachfolger von Projekt Alpha, Projekt Epsilon, zu dienen. Während Hayates Abtransport kam es jedoch zu einem Unfall, so dass er glücklicherweise aus DOATECs Fängen entkommen konnte.
Die Karateka Hitomi, die gerade in der Nähe trainierte, nahm Hayate, der unter Amnesie litt, bei sich auf. Nachdem seine Wunden geheilt waren, fühlte er sich magisch zum Dead-or-Alive-Turnier hingezogen und nahm unter dem Namen Ein teil ...
Nachdem Hayate sein Gedächtnis wiedererlangt hatte, erfüllte er seine rechtmäßige Rolle als 18. Anführer des Mugen-Tenshin-Klans. Zur gleichen Zeit befand sich jedoch die Hajin-Mon-Sekte des Klans in Aufruhr. Genra, der Anführer der Sekte, war von DOATEC entführt und im Rahmen ihres neusten Plans, Projekt Omega, in ein Monstrum verwandelt worden.
Anschließend wurde bekannt gegeben, dass das dritte Dead-or-Alive-Turnier stattfinden sollte. Der wahre Zweck des Turniers war jedoch, Victor Donovan, der grauen Eminenz hinter DOATEC, eine Gelegenheit zu bieten, das von ihm während Projekt Omega geschaffene Monster zu testen.
Für Ayane war Genra Adoptivvater und Lehrer zugleich, doch jetzt war er in eine Maschine der Vernichtung verwandelt worden. Als eine gute Tochter war es ihre Pflicht, die Untaten ihres Vaters zu berichtigen und ihm Frieden zu schenken.
DOATECs wiederholte Experimente an Menschen haben von einer Tragödie zur nächsten geführt. Die Ninja konnten ihren Zorn auf dieses unmenschliche Unternehmen nicht länger zurückhalten.
Helena Douglas tat es ihrem Vater gleich und wurde Direktorin von DOATEC. Sie war bestrebt, seine Prinzipien und Werte zu verwirklichen und verkündete, dass sie das vierte Dead-or-Alive-Turnier ausrichten wird.
Doch der Zorn des Anführers des Mugen-Tenshin-Ninja-Klans, Hayate, verwandelte sich schon bald in Flammen, die den 999 Meter hohen DOATEC-Tri-Tower, ein Symbol der Macht und Gier eines mächtigen Unternehmens, verzehrte.
Doch gerade als die Türme begannen, in Flammen aufzugehen, erwachte das letzte schreckliche Experiment von DOATEC zum Leben: die ultimative Kampfmaschine, Alpha-152.
Die Prinzipien und Werte von Helenas Vater, Fame Douglas, waren durch Donovans Machenschaften und die aus ihnen erwachsenden Folgen zerstört worden.
Als ihr bewusst wurde, dass ihr Idealismus und ihre Leichtgläubigkeit Alpha-152 erst ermöglicht hatten, tat Helena das einzige, von dem sie wusste, dass es richtig sein würde. Sie wollte in den Türmen bleiben und sie von innen zerstören.
"Auf Wiedersehen."
Als Helena von Flammen umgeben war und die Türme einzustürzen drohten, wurde sie plötzlich wider erwarten von Zack mit seinem Helikopter gerettet. Wie in Trance blickte sie gerade rechtzeitig zurück, um zu sehen, wie das Sinnbild von DOATEC in sich zusammenbrach.
